平成23年度までの措置として、小規模作業所に対して運営費を補助している市町村に対して交付しているものである。
平成19年度に小規模作業所運営費補助金助成制度の見直しを行い、小規模作業所から障害者自立支援法上の新事業体系(障害福祉サービス事業所等)へ移行を促進する制度とした。この結果、19〜21年度において新事業体系への移行が大きく進んだ。
平成22年度においても、引き続き同制度のもとで、障がい者等の能力や適正に応じた生産活動等の機会の提供や一般就労に向けた訓練等を行う小規模作業所に対して支援を行うことにより小規模作業所利用者の自立や社会参加の促進を図るとともに、これに合わせてその他の移行支援事業を活用することにより小規模作業所の障害者自立支援法上の体系への移行を促す。