（１） 一般分
私立学校を運営する過程で支出する教職員人件費、光熱水費などの諸経費に対して補助するもの。
《私立中・高等学校》
平成１９年度から、これまでの前年度決算額に応じて配分する「決算方式」から生徒数に応じた配分に基礎配分額を加えた「単価方式」により助成している。
平成２２年度に単価の見直しを行った。
《私立専修学校》
専修学校については、その運営内容、経費がまちまちであり、一律の単価方式はなじまないことから、従来どおり「決算方式」（補助率１／１５又は２／１５※）とする。
※専修学校の補助率について
・高等課程（高校生年代が主に就学）を設置している専修学校（看護高等専修学校を除く）・・・２／１５
・上記以外の専修学校・・・１／１５
（２） 特別分
寄宿舎の舎監配置、生徒の体験学習といった特定の分野に対して支出した経費に対して補助するもの。
《私立高等学校特有事情に要する経費助成》
寄宿舎の舎監に対する助成（補助率１／２）
《私立学校経営改善支援事業》
中学校、高等学校が、生徒数に応じた職員体制の見直しを図ろうとする場合に、特に必要となる経費を助成 （補助率１／３）平成 １９年度創設、２２年度より３年間延長措置
《心豊かな学校づくり推進事業》
高等学校の生徒の体験活動に要する経費や、教育相談体制の整備に要する経費等を助成し、私立高校等の教育の質の向上を図る。（補助率３／４）
《技能教育施設運営費補助事業》
「技能教育施設」の指定を受けている専修学校設置者に対して、技能連携科目の授業を行う学科の運営費に対し、私立全日制高
等学校と同等の補助を行う。（補助率１／２）
《魅力ある技能連携施設支援事業》
技能教育施設が様々な魅力ある取組（人権教育、情報教育、保育体験等）を行う場合、私立高等学校と同様の補助を行う。
４８０人規模の学校（１学年１６０人×３学年）を標準的モデル校と設定して『教職員に関する経費』、『学校規模に関わらず必要となる経費』、『学級数に応じて必要となる経費』、『生徒数に応じて必要となる経費』の４区分に経費を分け、その２分の１相当額を算出した。
＜生徒一人当たり補助単価＞
普通学科 ３８４千円
家庭学科・商業学科 ４４０千円
商業学科（情報） ４８８千円
看護学科 ５８８千円
＜基礎配分額＞
２４，５１８千円