小中学校の不登校児童生徒の集団生活への適応、情緒の安定、基礎学力の補充、基本的生活習慣の改善等の相談指導について、民間（私立学校等）のノウハウを活用しながら児童生徒、保護者のニーズに応え選択肢を提供するフリースクールを運営する事業者を支援することにより、児童生徒の学校復帰や社会的自立に資する。
【フリースクールとは】
専ら、不登校のこどもの受け皿として、その学習権の保障や安心して過ごせる居場所を提供する施設、さらに、通信制高校での学習をサポートするサポート校など、不登校のこどもを対象とした既存の学校とは異なる機関、施設の総称。