新たな専門医の仕組みについては、平成２５年４月にとりまとめられた「専門医の在り方に関する検討会」の報告書において、新たに中立的な第三者機関（一般社団法人日本専門医機構）を設け、専門医の認定と養成プログラムの評価・認定を統一的に行うこととされている。
専門医認定支援事業は、新たな専門医の仕組みが円滑に構築されるよう、研修を行う医療機関に対する専門医の養成プログラムの作成支援を行うことにより、専門医の質の一層の向上を図ることを目的とする。
新たな専門医の仕組みにおける専門医の養成プログラムの認定基準を踏まえた、地域医療に配慮した以下に示すいずれかの専門医の養成プログラムの作成を行う。