《私立中・高等学校》
（１） 一般分
教職員人件費、光熱水費など学校運営に必要な経費に対し、学校単価及び生徒単価により助成する。
算出方法：学校単価＋（生徒数×生徒単価）
（学校単価）校長・教頭・人権教育主任・事務職員等人件費、監査費用等
（生徒単価）一般教職員等人件費、教育管理費等
（助成水準）標準的に必要な経費の２分の１
○高校単価
 | 大規模校 | 中規模校 | 小規模校 |
| 学校単価 | ２６，４３０千円 | ２４，６５３千円 | ２３，８２５千円 |
| 生徒単価（普通科） | ３７４千円 | ３９１千円 | ４１９千円 |
○中学校単価。
※消費税の引き上げに伴う物品等の単価を更新、想定する学校規模を２４０人から２００人へ変更し、学校単価・生徒単価を見直した
（２）特別分
寄宿舎の舎監配置、生徒の体験学習といった特定の分野に対して支出するもの。
・私立学校経営改善支援事業
中学校、高等学校が、早期退職、勧奨退職等により適正規模の職員体制への見直しを図る場合に必要となる経費を助成 （補助率１／３）
・舎監配置助成事業
高等学校の寄宿舎の舎監に対する助成（補助率１／２）
・専門ソフト整備助成事業
高等学校が、生徒用パソコンにおいて使用する専門ソフトの整備に必要な経費について、実績の１/２を助成。
・心豊かな学校づくり推進事業
体験活動に要する経費や、教育相談体制の整備に要する経費等を助成し、私立中・高等学校の教育の質の向上を図る。
（補助率３／４、上限３０万円（補助事業６・８・９は６０万円））
・＜新規＞土曜日授業実施校への助成
政策戦略事業により別途要求
・＜新規＞ＩＣＴ活用教育の促進
政策戦略事業により別途要求
※平成１８年度までは前年度決算額（実績額）の２分の１を補助。
※平成２２、２５年度に単価見直し。
《私立専修学校》
（１）一般分
私立学校を運営する過程で支出する光熱水費などの諸経費に対して補助するもの。
専修学校については、その運営内容、経費がまちまちであり、一律の単価方式はなじまないことから、「決算方式」（補助率１／１５又は２／１５※）とする。
※専修学校の補助率について
・高等課程（高校生年代が主に就学）を設置している専修学校（看護高等専修学校を除く）・・・２／１５
・上記以外の専修学校・・・１／１５
（２） 特別分
生徒の体験学習などといった特定の分野に対して支出した経費に対して補助するもの。
・技能教育施設運営費補助事業
「技能教育施設」の指定を受けている専修学校設置者に対して、技能連携科目の授業を行う学科の運営費に対し、私立全日制高等学校と同等の補助を行う。（補助率１／２）
・魅力ある技能連携施設支援事業
技能教育施設が様々な魅力ある取組（人権教育、情報教育、保育体験等）を行う場合、私立高等学校と同様の補助を行う。