（３）漁船等管理費
漁船法、遊漁船業の適正化に関する法律に基づき知事が行うこととされている漁船登録、遊漁船業者の登録事務を行う。
○漁船登録（新規および変更登録、登録謄本の交付、測度、建造・改造・転用許可）
※検認は、指定検認機関を指定
○遊漁船業者登録事務（新規および変更、更新の登録、遊漁船団体の指定等）
（４）漁船登録システム再構築
漁船登録システムに漁業許可の登録及び許可書の発行機能を追加することにより、許認可事務手続きを効率化し、漁協及び漁業者の利便性の向上を図る。また、ネットワーク上のデータベースに組み入れることで、これまで水産課と境港水産事務所で別々で管理していたデータの一元化を図り、業務の効率化を行う。