慰労金について、一般会計については６月補正で計上されている。病院事業会計については、国の補正予算が編成される際、支給対象者は医療従事者等の個人であり、あくまで病院は便宜上手続きを代行するのみと整理されていた。このことから厚生労働省は歳入歳出外現金（病院においては「預り金」）による処理で差し支えないと説明していたところ。
しかし、その後に公営企業における経理処理について、総務省が７月１０日付通知にて「公立病院が慰労金の代理受領を行い、医療従事者等に交付する場合について、公営企業の場合は、慰労金の予算・決算への計上が必要である」と整理し、厚生労働省も同通知によって処理するよう７月１４日付で各県に通知したことから、病院局としてもこの通知に従い、今議会において予算措置を行おうとするもの