指名指定管理施設の指定管理料は、選定に際し公募施設のように競争が働いていないことから、たとえ指定管理者の自助努力により生じた余剰金であっても、その使途については公益性を確保し、一定の制限をかけることとして導入時に整理したところである。
このことについて、指定管理料に余剰金が生じる場合、一度、県に全額返還してもらい、そのうち、複数年契約導入に伴う節減額等、経営努力によらない額を控除した額を指定管理者による公益事業の実施及び当該管理施設の運営に充当することを目的とした基金を設置する場合にその造成経費の補助を行う。
なお、令和元年度は文化施設（指定管理者制度導入施設）における文化イベント等において、新型コロナウイルスの感染防止のため、イベント主催者がキャンセルを申し出た場合のキャンセル料については県が負担する取扱いとした上で、指定管理料の決算による返納額から県が負担するキャンセル料を控除することとし、指定管理事業の収入となるキャンセル料補填額と相殺する。