新興感染症発生時における医療提供体制を速やかに構築するため、感染症法の改正により医療措置協定制度が創設され（令和6年4月1日施行）、現在、医療機関と協定の締結を進めている。
（7月10日時点の締結率：病院100％、診療所92％、薬局93％、訪問看護68％）
新興感染症への対応強化を図るため、県と医療措置協定を締結する医療機関に対し、個室病床の整備、多床室の個室化のための可動式パーテーションの設置等の施設整備、簡易陰圧装置等の設備整備に要する費用を支援する。
県と医療措置協定を締結する医療機関が行う、感染対策のために必要な設備整備等の費用に対して補助金を交付する。
（１）対象施設 医療措置協定締結医療機関（協定締結が決まっている場合を含む）
（２）対象経費
ア 施設整備
（ア）個室病床の整備（必要な付属整備を含む）
（イ）多床室への可動式パーテーションの設置など病棟等の感染対策に係る施設整備
（ウ）個人防護具保管施設の整備
イ 設備整備
簡易陰圧装置、PCR検査機器、簡易ベッド、HEPAフィルター付空気清浄機
（３）補助率
上記（２）ア（ア）の整備 ２／３（国１／３、県１／３、事業者１／３）
その他の整備 １０／１０（国１／２、県１／２） ※整備内容に応じて補助上限有り