儲かる栽培漁業を展開するためには、種苗生産経費の低減、疾病対策、作業性の向上など効率的に種苗を生産していくための施設改修が必要となってきた。
このため、平成１６年から１７年には海水井戸の調査、掘削を、平成１７年から１８年には最優先で行う１期工事の実施設計および機械棟等の工事を実施した。
１．事業内容
１期工事（安全確保のために放置できない箇所（天井部分、腐食部分））の施設整備費および２期工事（作業の効率化、作業環境改善のための改造）の実施設計費を要求する。
（１）予算要求額 111,380千円
内訳：工事費 102,809千円
２期工事設計委託料 5,985千円
工事監理費 2,586千円
（２）工事内容
連絡通路（修繕） 貝類棟（修繕） 魚類棟（修繕）
２．１期工事（Ｈ１８〜１９年度）総事業費
211,683千円（工事費概算）
３．センター機能強化事業（改修・修繕工事）年次計画
| 実施年度 | 区分 | 施設名 | 主な工事内容 | 概算金額 |
| 16年度 | 海水井戸 | 海水井戸調査 |  | 3,518 |
| 17年度 | 海水井戸掘削 | 海水井戸３本掘削 | 34,695 |
| １期工事 | | 実施設計 | 6,811 |
| 18年度 | 海水井戸施設
沖合海水施設
機械棟 | ポンプ類・送水配管工事
濾過器・機械棟の屋根・蓄電器設備修繕
工事監理費 | 108,874
2,634 |
| 19年度 | 連絡通路
貝類棟
魚類棟 | 吊金具・屋根・水銀灯・排水ピット関係修繕
工事監理費 | 102,809
（要求額）
2,586 |
| ２期工事 | | 実施設計 | 5,985 |
| 20年度〜 | ワムシ棟、貝類棟、魚類棟、管理棟等の修繕・改修 | 床部分（水槽）を中心とする修繕・改修 | 186,427 |
４．平成２０年度以降の機能強化のポイント
・作業の効率化や省力化・省エネ化のための施設改修
・多様な魚種、数量への対応するための施設改修
・不要な設備の撤去 など